Tutorial: Crear una cuenta en GBIF y descargar datos de una especie

Objetivo:
Aprender a crear una cuenta en GBIF.org y descargar datos de ocurrencia de una especie específica, como Nothofagus pumilio.

🪶 1. ¿Qué es GBIF?

El Global Biodiversity Information Facility (GBIF) es una red internacional que proporciona acceso libre y abierto a datos sobre biodiversidad de todo el mundo.
A través de su portal (www.gbif.org), puedes buscar y descargar registros de ocurrencia, listas de especies y conjuntos de datos publicados por museos, herbarios y proyectos científicos.

🧑‍💻 2. Crear una cuenta en GBIF

1. Entra al sitio web: https://www.gbif.org/
2. Haz clic en “Sign up” (arriba a la derecha).
   
3. Completa el formulario:
   • Username: nombre de usuario (sin espacios)
   • Email address: tu correo electrónico
   • Password: contraseña segura
   • Acepta los términos de uso
4. Revisa tu correo y confirma tu cuenta haciendo clic en el enlace de verificación.

✅ Tener una cuenta te permitirá acceder a funciones avanzadas como descargas de datos y publicación de conjuntos de datos.

🌿 3. Buscar una especie

1. En la barra superior de búsqueda, escribe el nombre científico de la especie:
   Nothofagus pumilio (o la que prefieras)
2. Haz clic en el resultado correspondiente.
3. Se abrirá la página de la especie, con información taxonómica, mapa de distribución y enlaces a los registros de ocurrencia.

📥 4. Descargar datos de ocurrencia

1. Dentro de la página de la especie, selecciona la pestaña “Occurrences”.
2. Puedes aplicar filtros antes de descargar:
   • País: Chile
   • Tipo de registro: Preserved specimen, Human observation, etc.
3. Haz clic en “Download” (botón azul en la esquina superior derecha).
4. Si no has iniciado sesión, GBIF te pedirá acceder con tu cuenta.
5. Elige el formato de descarga:
   • Simple (CSV): fácil de usar en Excel o R
   • Darwin Core Archive (DwC-A): recomendado para análisis más avanzados
6. Recibirás un correo con el enlace para descargar el archivo .zip.

📂 5. Usar los datos descargados en R

Puedes importar y explorar los datos usando los paquetes readr y dplyr:

library(readr)
library(dplyr)

# Ruta del archivo descargado
# Ruta del archivo descargado
datos <- read_delim("/content/datos/0005661-251009101135966.csv", delim = "\t")

# Revisar las primeras filas
head(datos)

Elimina datos sin coordenadas y revisa cuántos datos fueron eliminados.

# Filtrar registros con coordenadas válidas
datos_filtrados <- datos %>%
  filter(!is.na(decimalLatitude), !is.na(decimalLongitude))
# Revisar cuántos datos fueron eliminados 
dim(datos); dim(datos_filtrados)

Guarda los datos filtrados

write.csv(datos_filtrados, "datos_filtrados.csv")

💡 Consejo: Si planeas hacer descargas frecuentes o masivas, usa la API de GBIF con el paquete rgbif.

🧾 6. Citar los datos

Cada descarga de GBIF genera una cita única con DOI.
Inclúyela siempre en tus informes o publicaciones, por ejemplo:

GBIF.org (09 October 2025) GBIF Occurrence Download
https://doi.org/10.15468/dl.abcd12

🎯 Resumen

📘 Autor: Ricardo Segovia
🧩 Proyecto: Curso SENCE-IEB — Gestión y modelamiento de datos de biodiversidad
📅 Actualizado: Octubre 2025